复旦大学医学院（原上海医科大学）创建于1927年，创立时名为国立第四中山大学医学院，是中国人创办的第一所国立大学医学院，颜福庆出任首任院长。1932年，独立为国立上海医学院（简称上医）。院训是“正谊明道”，出自《汉书·董仲舒传》：正其谊不谋其利，明其道不计其功。1939年，因抗战爆发内迁至云南昆明。1940年，辗转迁至四川重庆。1946年，抗战胜利，迁回上海。1952年，更名为“上海第一医学院”。1959年，被定为全国16所重点高等学府之一。1985年，更名为“上海医科大学”。2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2012年，新的上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限。2017年，中共复旦大学上海医学院工作委员会（简称上海医学院党工委）成立，是学校党委的派出机构。2018年12月21日，教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院。2019年6月14日，复旦大学上海医学院领导班子宣布会议举行。上海市委决定，建立中共复旦大学上海医学院委员会和中共复旦大学上海医学院纪律检查委员会。同日，复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设正式启动。

有直属院系所9个。设有本科专业9个：临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、临床医学（六年制）、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理、药学、护理学，高职专业1个：护理。有博士学位授予权的一级学科9个（医学门类6个，非医学门类3个），设有博士后科研流动站8个：生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理（医）、护理学。 在校博士研究生2731人，硕士研究生2899人，普通本科生4035人，专科生113人，共计9665人。有中国科学院院士6人，中国工程院院士5人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授29名，讲座教授8名，另有青年长江学者12名。“国家重点基础研究发展计划（含重大科学研究计划）”项目首席科学家17人，牵头2018年度国家重点研发计划专项项目9项（含附属医院牵头4项）、国家科技重大专项课题5项（含附属医院牵头3项）。国家杰出青年基金获得者39人，国家自然科学基金优秀青年基金获得者22人。

有一级学科国家重点学科3个：生物学、基础医学、中西医结合，二级学科国家重点学科12个：内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、妇产科学、流行病学与卫生统计学、药剂学、社会医学与卫生事业管理；有国家老年疾病临床医学研究中心、国家放射与治疗临床医学研究中心和国家儿童医学中心；有国家重点实验室1个：医学神经生物学；教育部重点实验室5个：医学分子病毒学、代谢分子医学、智能化递药、公共卫生安全、癌变与侵袭原理，教育部前沿科学中心1个：脑科学；国家卫健委（卫生部）重点实验室9个：糖复合物、抗生素临床药理、手功能重建、卫生技术评估、医学分子病毒学、听觉医学、近视眼、病毒性心脏病、新生儿疾病，上海市重点实验室9个：周围神经显微外科、医学图像处理与计算机辅助技术、器官移植、女性生殖内分泌相关疾病、肾脏疾病与血液净化、视觉损害与重建、乳腺肿瘤、出生缺陷防治、老年医学临床。

上海医学院一号医学科研楼（复星楼）、学生书院、医科图书馆、综合游泳馆、地下停车库的楼宇已投入使用，二号医学科研楼正在建设中。

附属医院17所（含筹），分别是复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院、复旦大学附属浦东医院、复旦大学附属静安区中心医院、复旦大学附属闵行医院、复旦大学附属精神卫生中心（筹）、复旦大学附属青浦区中心医院（筹）、复旦大学附属口腔医院（筹）、复旦大学附属徐汇医院（筹）。